W przypadku nieprzestrzegania wymagań i norm, płatności są redukowane proporcjonalnie do naruszeń. Wymiar sankcji za nieprzestrzeganie wymogów podstawowych będzie uzależniony od wielu czynników. Podstawowe rozróżnienie to niezgodność z przepisami wynikająca z:

· zaniedbania rolnika (działania niecelowe),

· winy rolnika (działania celowe).

Ponadto przy określaniu wymiaru sankcji będą brane pod uwagę takie elementy jak:

· powtarzalność,

· zasięg,

· dotkliwość,

· trwałość.

W przypadku, gdy stwierdzona niezgodność wyniknie z zaniedbania ze strony rolnika, obniżka ta będzie z zasady stanowić 3% całkowitej kwoty, o którą wnioskował rolnik. Jednakże na podstawie raportu z kontroli może zostać wydana decyzja o obniżeniu wielkości potrącenia do 1% lub zwiększeniu go do 5% całkowitej kwoty lub, w określonych przypadkach odstąpienia od nałożenia jakichkolwiek obniżek.

W przypadku stwierdzenia powtarzającej się niezgodności procent sankcji zostanie pomnożony x 3, jednak maksymalna wysokość sankcji nie może przekroczyć 15% całkowitej kwoty dopłat bezpośrednich.

W przypadku, gdy rolnik celowo dopuścił się stwierdzonej niezgodności, obniżka będzie z zasady wynosić 20% całkowitej kwoty. Jednakże Agencja Płatnicza może na podstawie oceny przedłożonej przez właściwy organ kontroli w raporcie z czynności kontrolnych, wydać decyzję o obniżeniu procentu do wysokości nie mniejszej niż 15% lub, tam gdzie ma to zastoso­wanie, zwiększyć ten procent nawet do 100% całkowitej wnioskowanej kwoty.

Kontrola przestrzegania wymogów wzajemnej zgodności obejmie przynajmniej 1% gospodarstw rolnych ubiegających się o płatności bezpośrednie oraz płatności PROW 2007 – 2013: ONW, Program rolnośrodowiskowy, Zalesianie gruntów rolnych, co w przypadku Polski oznacza konieczność przeprowadzenia około 15 tysięcy kontroli rocznie. Natomiast kontrole z zakresu Identyfikacji i Rejestracji Zwierząt dotyczyć będą nie więcej niż 10% gospodarstw utrzymujących bydło, 3% gospodarstw utrzymujących owce i kozy, w których trzymane zwierzęta stanowią, co najmniej 5% pogłowia zwierząt w danym państwie członkowskim oraz 1% gospodarstw utrzymujących świnie.